Οι μαθητές με ειδικές μαθησιακές δυσκολίες μπορεί να εμφανίσουν μία σειρά από προβλήματα στην κατανόηση/παραγωγή γραπτού και προφορικού λόγου, στην επεξεργασία ακουστικών και οπτικών πληροφοριών, στα μαθηματικά, στον προσανατολισμό στο χώρο και στο χρόνο, στη συγκέντρωση κλπ. Οι μαθητές αυτοί δυσκολεύονται λόγω αυτών των ελλειμμάτων /αδυναμιών τους να παρακολουθήσουν την εκπαιδευτική διαδικασία στην κανονική τάξη με αποτέλεσμα να βιώνουν τη σχολική αποτυχία, την απόρριψη και την περιθωριοποίηση. Τα τμήματα ένταξης θεωρούνται ο πιο κατάλληλος θεσμός για τους μαθητές αυτής της κατηγορίας. Σε αυτά τα τμήματα, ένας εξειδικευμένος εκπαιδευτικός  για 2 ώρες την ημέρα ή 4 ώρες την εβδομάδα χρησιμοποιώντας εναλλακτικούς τρόπους μάθησης που ανταποκρίνονται στις ιδιαίτερες ανάγκες των εκάστοτε μαθητών προσπαθεί να τους ενισχύσει και να καταστήσει προσβάσιμο το εκπαιδευτικό υλικό σε αυτούς ώστε να είναι σε θέση να ανταποκριθούν καλύτερα στις απαιτήσεις της τάξης τους τις υπόλοιπες ώρες του διδακτικού προγράμματος όταν έρχονται σε κοινή διδασκαλία με τους άλλους μαθητές .

 Οι μαθητές με νοητική αναπηρία ή αυτισμό με κατάλληλη ατομική υποστήριξη (παράλληλη στήριξη)  μπορούν να παρακολουθούν το πρόγραμμα της σχολικής τάξης του γενικού σχολείου με την παρουσία στην τάξη εκτός του εκπαιδευτικού της γενικής αγωγής και του εκπαιδευτικού της ειδικής αγωγής. Στόχος της παράλληλης στήριξης είναι ο μαθητής σταδιακά να αυτονομηθεί. Η παράλληλη στήριξη για τα παραπάνω παιδιά λειτουργεί ως διερμηνέας ή προσωπικός μεταφραστής για να βοηθηθεί το παιδί όταν υπάρξει ανάγκη. Όμως η βοήθεια σε άλλες περιπτώσεις εξαφανίζεται για να μπορέσει το παιδί να αυτονομηθεί. Έτσι  τα παιδιά μαθαίνουν, αφομοιώνουν, δημιουργούν στους δικούς τους ρυθμούς.